FXMLファイルからAnthorPaneを作成して、

AnchorPane root = FXMLLoader.load(getClass().getResource("/layout1_1366x768.fxml"));
 return root;

その後、背景等設定してしまうと、内部コンポーネント(FlowPane)が表示されない。MeidaViewで動画の音声は再生されているので、配置順がおかしくなっているのではと推測。

root = FXMLLoader.load(getClass().getResource("/layout1_1366x768.fxml"));

root.setStyle("-fx-background-image:url('"background.jpg"'); " +
"-fx-background-repeat: stretch ;" +
"-fx-background-position: center center; " +
"-fx-background-size:cover ; ");

FXMLLoader.loadは2度目以降できないようだ。